원회계사 블로그

안녕하세요. 원회계사입니다

오늘은 연구개발 세액공제의 적용요건 부터 전담부서 요건까지 한번 알아보도록 하겠습니다.

연구개발활동은 기업의 성장에 있어서 중요한 지출항목이며, 정부는 기업의 R&D 투자를 장려하기 위해 다양한 정책을 시행하고 있습니다. 그 중 가장 대표적인 것이 바로 연구개발세액공제 제도입니다.

이 글에서는 연구개발세액공제의 주요 측면을 네 가지 항목으로 나누어 상세히 살펴보겠습니다.

첫째. 연구인력개발비 세액공제 적용요건

연구인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 몇 가지 중요한 요건을 충족해야 합니다. 

첫째, 공제 대상이 되는 비용이 실제 연구개발 활동과 직접적으로 관련되야 합니다. 이는 단순한 품질관리, 일상적인 데이터 수집, 또는 이미 확립된 프로세스의 반복적인 적용 등은 포함되지 않음을 의미합니다.

둘째, 해당 비용은 기업의 연구소나 연구개발전담부서에서 수행한 활동과 관련되어야 합니다. 이는 R&D 활동의 체계성과 전문성을 보장하기 위한 요건입니다. 기업부설연구소나 연구개발전담부서는 관련 법규에 따라 인정을 받아야 하며, 이에 대해서는 뒤에서 더 자세히 다루겠습니다.

셋째, 연구개발 활동은 새로운 지식의 창출이나 기존 지식의 활용을 통해 새로운 제품, 서비스, 공정 등을 개발하는 것을 목표로 해야 합니다. 이는 단순한 개선이나 모방이 아닌, 실질적인 혁신을 추구해야 함을 의미합니다.

넷째, 연구개발비용은 명확히 구분되고 증빙될 수 있어야 합니다. 이를 위해 기업은 R&D 프로젝트별로 비용을 추적하고 관리할 수 있는 시스템을 갖추어야 합니다. 연구노트, 회의록, 보고서 등의 문서화 작업도 이러한 증빙의 일환으로 중요합니다.

마지막으로, 공제 대상 비용에는 인건비, 재료비, 위탁 및 공동연구개발비, 기타 직접비 등이 포함됩니다. 그러나 정부나 지방자치단체로부터 받은 출연금이나 보조금으로 지출한 R&D 비용은 공제 대상에서 제외됩니다. 이는 이중 혜택을 방지하기 위한 조치입니다.

둘째. 연구인력개발비 세액공제 공제방법

연구인력개발비 세액공제의 공제방법은 크게 두 가지로 나눌 수 있습니다. 당기분 방식(volume 방식)과 증가분 방식(incremental 방식)입니다.

당기분 방식은 해당 과세연도에 발생한 총 연구개발비에 대해 일정 비율을 공제하는 방식입니다. 이 방식의 장점은 계산이 비교적 간단하고, 연구개발 투자의 절대적 규모를 늘리는 데 효과적이라는 점입니다. 반면, 기업의 R&D 투자 증가를 직접적으로 유도하는 데는 한계가 있을 수 있습니다. 공제액 계산방법은 아래 셋째에서 보다 자세히 언급하도록 하겠습니다.

증가분 방식은 직전 과세연도 대비 증가한 연구개발비에 대해 높은 비율로 공제하는 방식입니다. 이 방식은 기업의 R&D 투자 증가를 직접적으로 장려하는 효과가 있습니다. 그러나 R&D 투자가 감소하거나 정체된 경우에는 혜택을 받기 어려울 수 있습니다. 공제액 계산방법은 아래 셋째에서 보다 자세히 언급하도록 하겠습니다.

대부분의 기업은 두 방식 중 유리한 것을 선택할 수 있으며, 일부 경우에는 두 방식을 혼합하여 적용할 수도 있습니다. 예를 들어, 중소기업의 경우 당기분 방식으로 25%를 공제받고, 추가로 증가분에 대해 50%를 공제받을 수 있습니다.

또한, 신성장동력・원천기술 분야의 연구개발비에 대해서는 더 높은 공제율이 적용됩니다. 이는 미래 성장 동력이 될 수 있는 핵심 기술 분야에 대한 투자를 특별히 장려하기 위한 조치입니다.

공제 신청은 과세표준 신고 시 함께 이루어지며, 관련 서식과 증빙 자료를 제출해야 합니다. 이때 연구개발 활동의 내용, 비용의 산출 내역, 연구 인력의 현황 등을 상세히 기술해야 합니다.

셋째. 연구인력개발비 세액공제 공제금액

연구인력개발비 세액공제의 공제금액은 기업의 규모, R&D 투자 유형, 그리고 해당 연도의 투자 증가율 등 여러 요인에 따라 달라집니다. 

중소기업의 경우, 일반 연구・인력개발비에 대해 당해 연도 발생액의 25%를 공제받을 수 있습니다. 또한, 직전 과세연도 대비 증가한 금액에 대해서는 50%의 높은 공제율이 적용됩니다. 이는 중소기업의 R&D 투자를 강력히 지원하기 위한 정책적 고려가 반영된 것입니다.

중견기업의 경우, 일반 연구・인력개발비에 대해 8~15%의 공제율이 적용됩니다. 이 비율은 해당 기업의 수입금액 대비 R&D 투자 비중에 따라 달라집니다. R&D 투자 비중이 높을수록 더 높은 공제율이 적용되어, R&D 집중 기업에 더 큰 혜택을 제공합니다.

대기업의 경우, 일반 연구・인력개발비에 대해 0~2% 의 공제율이 적용됩니다. 이 역시 R&D 투자 비중에 따라 달라지며, 투자 비중이 높을수록 더 높은 공제율이 적용됩니다.

특히 주목할 만한 점은 신성장동력・원천기술 분야의 R&D 투자에 대한 우대 정책입니다. 이 분야의 R&D에 대해서는 중소기업은 최대 50%, 중견기업은 최대 40%, 대기업은 최대 30%의 높은 공제율이 적용됩니다. 이는 미래 성장 동력이 될 수 있는 첨단 기술 분야에 대한 투자를 강력히 장려하기 위한 조치입니다.

공제금액의 계산 시 주의할 점은, 해당 과세연도의 법인세(소득세) 금액의 100%가 공제의 한도라는 것입니다. 즉, R&D 세액공제로 인해 납부할 세금이 0원 이하가 되는 경우는 없습니다. 다만, 공제받지 못한 금액은 이월하여 다음 과세연도부터 10년 내에 공제받을 수 있습니다.

위의 내용을 표로 요약하면 다음과 같습니다.

넷째 4. 연구개발전담부서 요건

연구개발세액공제를 받기 위해서는 기업 내에 공식적으로 인정된 연구개발 조직이 있어야 합니다. 이는 크게 기업부설연구소와 연구개발전담부서로 나눌 수 있는데, 여기서는 연구개발전담부서의 요건에 대해 자세히 살펴보겠습니다.

연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 먼저 조직 구성 측면의 요건을 충족해야 합니다. 전담부서는 조직도 상에서 독립된 연구개발 부서로 명확히 구분되어야 하며, 다른 부서와의 겸임은 원칙적으로 허용되지 않습니다. 연구원의 수는 기업 규모에 따라 다르지만, 최소한 중소기업은 1명 이상, 중견기업은 3명 이상, 대기업은 5명 이상의 연구개발 인력을 보유해야 합니다.

물리적 공간 요건도 중요합니다. 연구개발전담부서는 다른 부서와 물리적으로 구분된 독립된 연구 공간을 보유해야 합니다. 이 공간에는 해당 연구 분야에 필요한 연구시설 및 장비가 구비되어 있어야 합니다. 이는 연구의 독립성과 전문성을 보장하기 위한 조치입니다.

연구개발 활동 측면에서도 몇 가지 요건이 있습니다. 전담부서는 구체적이고 체계적인 연구개발 계획을 수립해야 하며, 이를 문서화해야 합니다. 연구 과정과 결과를 체계적으로 기록한 연구노트의 작성도 필수적입니다. 또한, 연구개발 활동은 일회성이 아닌 지속적으로 이루어져야 합니다.

연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 관할 지방중소벤처기업청에 신청을 해야 합니다. 서류 심사와 현장 실사를 통해 요건 충족 여부를 확인한 후, '연구개발전담부서 인정서'가 발급됩니다. 이 인정서의 유효기간은 발급일로부터 3년이며, 그 이후에는 갱신이 필요합니다.

인정을 받은 후에도 지속적으로 요건을 유지해야 합니다. 연구 인력의 변동, 공간 활용의 변화, 연구 활동의 중단 등이 있을 경우 즉시 보고해야 하며, 요건을 충족하지 못하게 될 경우 인정이 취소될 수 있습니다.

연구개발전담부서의 설치와 운영은 단순히 세액공제를 받기 위한 것만은 아닙니다. 

이는 기업의 R&D 역량을 체계화하고 강화하는 중요한 수단이 될 수 있습니다. 따라서 기업은 이를 전략적 투자의 관점에서 접근하고, 장기적인 혁신 능력 향상을 위한 기회로 활용해야 할 것입니다.