관계기업에서 종속기업으로 변경: 회계처리와 세무처리 완벽 가이드 (2025년 최신판)
관계기업이 종속기업으로 변경되는 것은 기업의 지배구조가 변화하는 중요한 경영 이벤트입니다. 이러한 변경은 회계처리와 세무처리에 복잡하고 다양한 영향을 미치며, 특히 지분법에서 연결회계로의 전환과 수입배당금 익금불산입 제도의 변화는 기업의 재무제표와 세무부담에 직접적인 영향을 줍니다. 본 가이드에서는 2025년 최신 회계기준과 세법을 반영하여, 실무에서 자주 발생하는 다양한 사례들을 통해 이러한 변경 과정을 단계별로 상세히 설명드립니다.
1. 관계기업과 종속기업의 기본 개념
관계기업에서 종속기업으로의 변경을 이해하기 위해서는 먼저 각각의 정의와 차이점을 명확히 파악해야 합니다. 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1028호에 따르면, 관계기업은 투자자가 유의적인 영향력을 보유하지만 지배력은 없는 기업을 의미합니다.
관계기업의 판단 기준
관계기업으로 분류되기 위한 주요 요건은 다음과 같습니다:
- 지분율 기준: 일반적으로 20% 이상 50% 미만의 의결권 보유
- 유의적 영향력: 피투자자의 재무정책과 영업정책 결정에 참여할 권한
- 이사회 참여: 피투자자의 이사회나 이에 준하는 의사결정기구에 참여
- 정책결정 참여: 배당정책이나 기타 중요한 경영정책 결정에 참여
- 중요한 거래: 투자자와 피투자자 간의 중요한 거래 존재
종속기업의 판단 기준
종속기업은 투자자가 지배력을 보유하는 기업을 의미합니다. 지배력의 판단은 다음 세 가지 요소를 모두 충족할 때 인정됩니다:
| 요소 | 내용 | 실무 판단 기준 |
|---|---|---|
| 힘(Power) | 피투자자의 관련 활동을 지시할 권리 | 일반적으로 50% 초과 의결권, 특별한 의결권 보유 |
| 변동수익에 대한 노출 | 피투자자와의 관계로 인한 변동수익에 대한 권리 | 배당수익, 수수료수익, 가치변동 등 |
| 수익에 영향을 미치는 능력 | 힘을 사용하여 수익에 영향을 미칠 능력 | 실질적인 경영 통제력 행사 |
관계기업과 종속기업의 구분은 단순히 지분율만으로 결정되지 않으며, 실질적인 지배력(De Facto Control)을 종합적으로 검토해야 합니다. 특히 콜옵션, 풋옵션, 전환권 등의 잠재적 의결권도 고려해야 합니다.
2. 관계기업에서 종속기업으로 변경 사유
관계기업이 종속기업으로 변경되는 주요 사유들을 실무에서 자주 발생하는 사례를 중심으로 살펴보겠습니다.
지분 추가 취득
가장 일반적인 변경 사유는 기존 관계기업의 지분을 추가로 취득하여 지배력을 획득하는 경우입니다.
A회사가 B회사 지분 30%를 보유하여 관계기업으로 회계처리하고 있었는데, 2025년 3월 추가로 25%를 취득하여 총 55%의 지분을 보유하게 된 경우입니다. 이때 A회사는 B회사에 대한 지배력을 획득하여 종속기업으로 분류를 변경해야 합니다.
계약상 권리 변경
지분율 변화 없이도 계약상 권리의 변경으로 지배력을 획득할 수 있습니다.
C회사가 D회사 지분 35%를 보유하고 있었는데, 다른 주주들과 의결권 행사에 관한 주주간 협약을 체결하여 실질적으로 과반수 의결권을 행사할 수 있게 된 경우입니다.
잠재적 의결권의 실행
콜옵션 행사나 전환사채 전환 등으로 지배력을 획득하는 경우도 있습니다. 삼성바이오로직스 사례에서처럼 콜옵션의 행사 가능성이 변화하면서 연결 범위가 조정된 바 있습니다.
지배력 획득 시점의 정확한 판단이 중요합니다. 법적 소유권 이전일과 실질적 지배력 획득일이 다를 수 있으므로, 계약 조건과 실제 지배력 행사 시점을 면밀히 검토해야 합니다.
3. 회계처리 방법
관계기업에서 종속기업으로 변경될 때의 회계처리는 단계적 기업결합 회계처리에 해당합니다. 이는 기존 지분법 적용 투자와 추가 취득 지분을 합쳐서 연결회계를 적용하는 과정입니다.
단계적 기업결합 회계처리 절차
지배력 획득일에 기존에 보유하고 있던 관계기업투자주식을 공정가치로 재측정하고, 장부가액과의 차이를 당기손익으로 인식합니다.
재측정된 기존 투자지분의 공정가치와 추가로 이전한 대가를 합하여 총 취득대가를 산정합니다.
취득대가를 식별가능한 자산과 부채의 공정가치에 배분하고, 초과액은 영업권으로 인식합니다.
구체적인 회계 분개 예시
다음은 E회사가 F회사 지분 30%를 보유하다가 추가로 25%를 취득하여 종속기업으로 변경된 사례입니다:
| 구분 | 금액(백만원) | 비고 |
|---|---|---|
| 기존 관계기업투자주식 장부가액 | 15,000 | 지분법 적용 후 잔액 |
| 기존 지분의 공정가치 | 18,000 | 지배력 획득일 기준 |
| 추가 취득 대가 | 15,000 | 현금 지급 |
| 총 취득대가 | 33,000 | 18,000 + 15,000 |
| 식별가능순자산 공정가치 | 30,000 | 취득일 기준 |
| 영업권 | 3,000 | 33,000 - 30,000 |
회계 분개:
(차) 종속기업투자주식 33,000
(대) 현금 15,000
(대) 관계기업투자주식 15,000
(대) 투자주식처분이익 3,000 - 개별재무제표 처리
2024년 금융감독원 지적사례에 따르면, 관계기업투자주식 추가 취득시 취득원가는 지급한 대가의 공정가치로 측정해야 합니다. 비현금대가를 지급한 경우 해당 대가의 공정가치 평가가 중요합니다.
4. 세무처리 방법
관계기업에서 종속기업으로 변경될 때 가장 중요한 세무 이슈는 수입배당금 익금불산입 제도의 적용입니다. 이는 법인세 부담에 직접적인 영향을 미치므로 정확한 이해가 필요합니다.
수입배당금 익금불산입 제도 개정사항 (2025년 적용)
2025년부터 적용되는 개정된 법인세법에 따르면, 국내자회사 배당금 이중과세 조정이 합리화되었습니다. 지주회사 여부와 상장회사 여부를 구분하지 않고 지분율에 따라 익금불산입률이 적용됩니다.
| 지분율 | 익금불산입률 | 적용 대상 |
|---|---|---|
| 50% 이상 | 100% | 종속기업 배당금 |
| 30% 이상 50% 미만 | 80% | 관계기업 배당금 |
| 30% 미만 | 30% | 기타 투자 배당금 |
변경 시점의 세무처리
관계기업에서 종속기업으로 변경되는 시점에서 다음과 같은 세무 조정이 필요합니다:
회계상 인식한 투자주식처분이익 3,000만원은 실제 처분이 아니므로 세무상 익금불산입 처리합니다.
변경 이후 받는 배당금은 종속기업 배당금으로서 100% 익금불산입이 적용됩니다 (지분율 50% 이상 기준).
실무 계산 예시
앞서 예시의 E회사가 F회사로부터 연간 1,000만원의 배당금을 받는다고 가정할 때:
- 변경 전 (관계기업, 지분율 30%): 1,000만원 × 80% = 800만원 익금불산입
- 변경 후 (종속기업, 지분율 55%): 1,000만원 × 100% = 1,000만원 익금불산입
- 추가 절세효과: 200만원 × 법인세율(25%) = 50만원
- 회계상 투자주식처분이익은 세무상 익금불산입 조정 필요
- 변경 후 배당금은 더 높은 익금불산입률 적용
- 차입금 이자 배분 계산시 변경된 지분율 반영 필요
- 세무조정계산서 작성시 각별한 주의 필요
5. 실무 사례 분석
실제 기업들에서 발생한 관계기업에서 종속기업으로의 변경 사례들을 통해 실무적 시사점을 살펴보겠습니다.
사례 1: 삼성바이오로직스 - 삼성바이오에피스
삼성바이오로직스는 2014년까지 삼성바이오에피스를 종속기업으로 보고 연결재무제표를 작성했으나, 2015년부터는 관계기업으로 분류를 변경하였습니다. 이는 2대 주주 바이오젠이 보유한 콜옵션 행사 가능성을 고려한 것으로, 지배력 상실에 따른 분류 변경이었습니다. - 한국경제 2021년 기사
이 사례에서 주목할 점은 지분율만으로는 지배력을 판단하지 않고, 콜옵션 등 잠재적 의결권을 종합적으로 고려했다는 것입니다.
사례 2: 일반적인 지분 추가 취득 사례
G회사가 H회사 지분 25%를 10억원에 취득하여 관계기업으로 분류하였다가, 1년 후 추가로 30%를 15억원에 취득하여 종속기업으로 변경한 사례입니다.
| 시점 | 지분율 | 투자금액 | 분류 | 회계처리방법 |
|---|---|---|---|---|
| 1차 취득 | 25% | 10억원 | 관계기업 | 지분법 |
| 2차 취득 | 55% | 25억원 (누계) | 종속기업 | 연결회계 |
회계처리 결과:
- 지분법 적용 기간 중 H회사의 순이익 2억원 발생 → G회사는 5,000만원 지분법이익 인식
- 2차 취득일 기존 지분의 공정가치: 12억원 (장부가액 10.5억원 대비 1.5억원 증가)
- 단계적 기업결합으로 1.5억원의 투자주식처분이익 인식
사례 3: 전환사채 전환에 의한 변경
2024년 금융감독원 지적사례에서는 관계기업이 발행한 전환사채를 보유하다가 전환권을 행사하여 관계기업 지분을 추가 취득한 사례가 소개되었습니다.
I회사가 J회사 지분 30% 보유 + J회사 발행 전환사채 보유 (FVPL로 분류)
전환사채를 주식으로 전환하여 총 지분율 55% 달성, 종속기업으로 분류 변경
추가 취득한 관계기업투자주식의 취득원가는 전환사채의 공정가치로 측정해야 함 (장부가액 사용 불가)
감사인은 종속기업이나 관계기업에 유상증자를 실행하는 경우, 자금순환 등 다른 동기 여부를 확인하기 위해 거래의 실질을 면밀히 파악할 필요가 있습니다. 특히 분식회계 목적의 자금순환 거래가 아닌지 검토가 중요합니다.
6. 2025년 개정 세법의 영향
2025년부터 시행되는 세법 개정사항은 관계기업에서 종속기업으로 변경되는 경우의 세무처리에 중요한 변화를 가져왔습니다. 특히 수입배당금 익금불산입 제도의 합리화가 핵심입니다.
수입배당금 익금불산입 제도 개정의 핵심
기존에는 지주회사 여부, 상장회사 여부에 따라 복잡하게 구분되었던 익금불산입률이 지분율에 따라 단순화되었습니다.
| 구분 | 개정 전 | 개정 후 (2025년~) |
|---|---|---|
| 지주회사 50% 이상 | 100% 익금불산입 | 100% 익금불산입 (지분율 50% 이상) |
| 상장법인 50% 이상 | 100% 익금불산입 | |
| 지주회사 20% 이상 | 80% 익금불산입 | 80% 익금불산입 (지분율 30% 이상) |
| 상장법인 20% 이상 | 80% 익금불산입 | |
| 기타 | 50% 익금불산입 | 30% 익금불산입 (지분율 30% 미만) |
실무적 영향 분석
이번 개정으로 인한 주요 변화점과 실무적 영향을 살펴보겠습니다:
30% 미만 지분에 대한 익금불산입률이 50%에서 30%로 하향 조정되어, 소액 투자에 대한 세제 혜택이 축소되었습니다.
30% 지분 관계기업이 50% 이상 종속기업으로 변경될 때, 익금불산입률이 80%에서 100%로 상승하여 추가 절세 효과가 발생합니다.
지분 취득 전략 수립시 익금불산입률을 고려한 최적 지분율 계획이 더욱 중요해졌습니다.
- 지주회사/상장회사 구분 폐지로 적용 기준 단순화
- 지분율 30%, 50% 기준으로 명확한 구분
- 관계기업에서 종속기업 전환시 더 큰 세제 혜택
- 장기적인 지분 투자 전략의 세무효과 증대
7. 실무상 주의사항 및 체크포인트
관계기업에서 종속기업으로 변경되는 과정에서 실무진들이 놓치기 쉬운 주요 체크포인트들을 정리했습니다.
회계처리 체크포인트
| 단계 | 체크포인트 | 주의사항 |
|---|---|---|
| 지배력 획득일 결정 | 법적 소유권 vs 실질적 지배력 | 계약 조건과 실제 통제권 행사일 확인 |
| 공정가치 측정 | 기존 지분의 공정가치 평가 | 외부 전문기관 평가 또는 합리적 근거 마련 |
| 매수가격배분 | 식별가능자산·부채 인식 | 무형자산 등 미인식 자산 검토 |
| 영업권 산정 | 영업권 vs 염가매수차익 | 공정가치 측정의 정확성 검증 |
세무처리 체크포인트
회계상 인식된 투자주식처분이익은 실제 처분이 아니므로 세무상 익금불산입 조정을 누락하지 않도록 주의해야 합니다.
종속기업 분류 변경 이후 받는 배당금부터 새로운 익금불산입률을 적용해야 하며, 변경 전 배당금은 기존 률 적용합니다.
수입배당금 익금불산입 계산시 차입금 이자 배분액도 변경된 지분율을 반영하여 재계산해야 합니다.
금융감독원 지적사항 예방
2024년 금융감독원 지적사례를 참고하여 다음 사항들을 사전에 점검해야 합니다:
- 취득원가 산정: 비현금대가 지급시 공정가치 측정 필수
- 자금순환 거래: 유상증자 등의 실질적 목적과 동기 검토
- 손상차손 인식: 투자주식의 회수가능성 정기적 검토
- 내부거래 제거: 연결범위 변경에 따른 내부거래 조정
실무 권장사항
원활한 회계처리와 세무처리를 위한 실무 권장사항입니다:
- 사전 검토: 지분 취득 전 회계·세무 영향 사전 분석
- 전문가 자문: 복잡한 거래구조시 회계법인 등 전문가 자문
- 문서화: 지배력 획득 과정과 판단 근거의 충분한 문서화
- 내부통제: 변경 과정의 내부 승인절차와 검토체계 구축
- 지속적 모니터링: 변경 후 연결범위와 지배력 유지 여부 점검
자주 묻는 질문 (FAQ)
네, 반드시 해야 합니다. K-IFRS 제1103호에 따라 단계적 기업결합이 발생할 때, 기존에 보유하고 있던 관계기업투자주식을 지배력 획득일의 공정가치로 재측정하고 그 차이를 당기손익으로 인식해야 합니다. 이는 회계기준상 의무사항입니다.
네, 가능합니다. 지배력 판단은 단순히 지분율만으로 결정되지 않습니다. 다음과 같은 경우 50% 미만이어도 종속기업으로 분류될 수있습니다:
- 다른 주주들과의 의결권 행사 협약
- 특별한 의결권이나 거부권 보유
- 이사회 구성원의 과반수 임명권
- 실질적인 경영 통제력 행사
아니요, 과세되지 않습니다. 단계적 기업결합으로 인한 투자주식처분이익은 실제 처분이 아닌 회계상 재측정에 의한 것이므로, 세무상으로는 익금불산입 조정을 통해 과세소득에서 제외됩니다. 따라서 해당 이익에 대해서는 법인세가 부과되지 않습니다.
가장 큰 변경점은 지주회사 여부와 상장회사 여부를 구분하지 않고 순수하게 지분율에 따라서만 익금불산입률이 결정된다는 것입니다. 지분율 50% 이상 100%, 30% 이상 50% 미만 80%, 30% 미만 30%로 단순화되어 적용이 용이해졌습니다.
지배력을 획득한 시점부터 연결재무제표에 포함시켜야 합니다. 만약 회계연도 중간에 지배력을 획득했다면, 해당 시점부터 연결범위에 포함하고 그 이후의 손익만 연결손익계산서에 반영합니다. 취득일 이전의 관계기업 손익은 지분법으로 이미 반영되었으므로 중복 계상하지 않습니다.
결론
관계기업에서 종속기업으로의 변경은 기업의 지배구조 변화를 반영하는 중요한 회계 이벤트입니다. 이러한 변경은 회계처리와 세무처리 양 측면에서 복잡한 절차를 수반하며, 특히 2025년 개정된 세법 하에서는 수입배당금 익금불산입 제도의 변화로 인해 더욱 정교한 분석이 필요합니다.
실무에서는 단순히 지분율만으로 판단하지 말고, 계약상 권리, 잠재적 의결권, 실질적 지배력 등을 종합적으로 검토해야 합니다. 또한 단계적 기업결합 회계처리시 공정가치 재측정과 매수가격배분 과정에서의 정확성이 재무제표의 신뢰성을 좌우하므로 각별한 주의가 필요합니다.
세무 측면에서는 회계상 인식된 투자주식처분이익의 익금불산입 조정과 향후 배당금에 대한 익금불산입률 변경을 정확히 반영하여 적절한 세무조정을 수행해야 합니다.
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