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임원 급여 및 복리후생비 세무처리 완벽 가이드: 2025년 최신 세법 반영

원회계사

법인의 임원에 대한 급여, 상여금, 퇴직금, 복리후생비의 세무처리는 일반 직원과 다른 특별한 규정이 적용됩니다. 특히 임원 보수는 주주총회 결의가 필요하고, 퇴직금은 한도 계산이 복잡하며, 차량 제공 시에도 현물급여 과세 문제가 발생할 수 있습니다. 이 글에서는 2025년 최신 세법을 바탕으로 임원과 직원 간의 세무처리 차이점을 상세히 설명하고, 실무에서 자주 발생하는 세무조정 사례와 대응방안을 제시합니다.

1. 대표이사 급여와 상여금의 세무 처리

임원의 급여와 상여금 지급은 일반 직원과 달리 상법과 정관의 규정을 따라야 합니다.

법인의 임원에 대한 보수를 정관에서 '주주총회의 결의를 거쳐 지급한다.'라고 규정하고 있음에도 주주총회의 결의없이 지급한 급여 또는 상여금은 세무조사 등의 사유로 실사를 받을 시 손금불산입될 수 있으므로 실무에서 매우 유의하여야 한다.

주주총회 결의의 중요성

상법 중에 제388조(이사의 보수) 규정을 살펴보면 "이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다."라고 되어 있다.

이는 임원 급여 지급의 법적 근거를 명확히 한 것입니다.

⚠️ 주의사항
주주총회의 결의없이 임원에게 보수를 과다하게 지급하거나 상여금을 지급하는 경우 세무조사시 쟁점이 되어 손금불산입되는 사례가 있으므로 유의하여야 한다.

임원 급여 손금산입 한도

법인세법에서는 임원 급여의 특별한 한도를 정하지 않았지만,

법인세법 시행령 제43조 제3항에서 "법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다."라고 규정

되어 있습니다.

임원 급여 및 상여금 세무처리 체크리스트
구분 필수 요건 세무상 처리
급여 주주총회 결의 또는 정관 규정 손금산입 (요건 충족 시)
상여금 주주총회 결의 필수 규정 없으면 전액 손금불산입
성과급 사전 지급기준 마련 객관적 기준 필요
🔑 핵심 포인트
A업체의 경우 대표이사의 급여를 연간 2억원으로 책정하여 지급하였으나 주주총회의 결의 없이 임원의 급여를 임의로 책정하였기 때문에 급여가 가장 많은 근로자의 연간보수액이 1억원이므로 그 차액 1억원을 손금 부인당한 사례

가 있으므로 반드시 적법한 절차를 거쳐야 합니다.

2. 임원 퇴직금 계산과 세무 처리 방법

임원 퇴직금의 세무처리는 일반 직원과 달리 복잡한 계산 구조를 가지고 있습니다.

법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니함

이라고 법인세법시행령 제44조에서 규정하고 있습니다.

법인세법상 임원 퇴직급여 손금산입 기준

1
정관에 퇴직급여 규정이 있는 경우정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액을 손금 산입

합니다. 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액으로 처리합니다.

2
규정이 없는 경우의 한도 계산그 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 근속연수를 곱한 금액을 손금 산입합니다.

소득세법상 임원 퇴직소득 한도

2012년 세법 개정으로 임원 퇴직소득에도 한도가 설정되었습니다.

소득세법 제22조(퇴직소득) 내용 중 임원 퇴직금 한도 규정인 '최근 3년동안 지급한 총 급여의 연평균환산액 × 1/10 × 근속개월수/12 × 3'으로 계산됩니다.
임원 퇴직금 한도 계산 공식
구분 계산 공식 비고
법인세법 한도 1년간 총급여액 × 1/10 × 근속연수 손금산입 한도
소득세법 한도 3년 평균급여 × 1/10 × 근속월수/12 × 3 퇴직소득세 한도
한도 초과시 - 근로소득세 과세

실무 계산 사례

사례 '22.12.31.퇴직한 임원, 근무기간은 '12.1.1.~'19.12.31. 중 96개월, '20.1.1.~퇴직일 중 36개월, 퇴직소득금액 3,500백만원, '11.12.31. 퇴직 가정 퇴직소득금액 1,500백만원(임원 퇴직급여지급규정), '20.1.1.~퇴직일까지의 총급여 연평균환산액은 400백만원, '17.1.1.~'19.12.31.까지의 총급여 연평균환산액은 300백만원

인 경우를 살펴보겠습니다.

⚠️ 중요한 실무상 주의점
임원 퇴직금 지급 규정이 없으면 3배수를 받을 수 없다. 규정이 없는 상태에서 퇴직연금에 3배수를 불입하고 있는 법인의 경우 퇴직연금에 불입한 2배수에 대해서는 손금불산입되어 업무무관 가지급금으로 처리

되므로 반드시 사전에 규정을 마련해야 합니다.

3. 임원 차량 제공 시 세무상 고려사항

법인이 임원에게 차량을 제공하는 경우 복잡한 세무상 고려사항이 발생합니다.

업무용 승용차의 취득, 유지를 위하여 지출된 비용이란, 감가상각비, 임차료, 유류비, 보험료, 수선비, 자동차세, 통행료 및 금융리스부채에 대한 이자비용 등이 해당

되며, 이들 비용의 손금산입 여부와 임원에 대한 현물급여 과세 문제를 동시에 검토해야 합니다.

업무전용자동차보험 가입 의무

법인이 해당 사업연도 기간동안 해당 법인의 임원 또는 직원ㆍ계약에 따라 해당 법인의 업무를 위하여 운전하는 사람ㆍ해당 법인의 운전자 채용을 위한 면접에 응시한 지원자가 운전하는 경우만 보상하는 자동차보험(업무전용자동차보험)에 가입하지 아니한 경우에는 업무용승용차 관련비용은 손금 산입할 수 없는 것

입니다.

1
업무전용자동차보험 가입자동차 보험에 '임직원만 운전할 수 있다'는 내용의 특약이 있어야만 비용처리 가능

합니다. 이 특약이 없으면 차량 관련 비용 전액이 손금불산입됩니다.

2
운행기록부 작성운행기록부 미작성시 1,500만원 초과금액 및 운행기록부 작성 시 업무외 사용비율 금액은 해당 차량 사용자(불분명한 경우에는 대표자)에 대한 상여로 보아 급여에 합산되어 소득세가 부과

됩니다.

3
현물급여 과세

임원이 업무 외 목적으로 법인 차량을 사용하는 경우, 그 사용 이익은 현물급여로 과세됩니다. 운행기록부의 업무외 사용비율에 따라 계산됩니다.

차량 제공 시 세무처리 구분

차량 제공 방식별 세무처리
제공 방식 법인 세무처리 임원 과세
업무 전용 관련비용 손금산입 과세 없음
업무+개인 겸용 업무비율만 손금산입 개인사용분 현물급여
개인 전용 전액 손금불산입 전액 현물급여
💡 실무 팁
자기차량운전보조금: 종업원이 소유하거나 본인 명의로 임차한 차량을 종업원이 직접 운전하여 업무수행에 이용하고 출장여비 등을 받는 대신에 정해진 지급기준에 따라 받는 금액은 월 20만원까지 비과세

되므로, 법인 차량 제공 대신 차량운전보조금 지급을 검토해볼 수 있습니다.

4. 임원에게 지급하는 복리후생비의 처리

복리후생비와 접대비의 구분은 그 지출이 누구를 위한 것인가를 기준으로 한다. 경조사비나 식대, 선물 등이 거래처가 아닌 회사의 임직원을 위해 지출되는 경우에는 복리후생비로 처리합니다. 하지만 임원에 대한 복리후생비는 특별한 주의가 필요합니다.

법인세법상 복리후생비 손금산입 요건

법인세법 시행령 제45조에서는 임원 또는 사용인을 위하여 직장체육비, 직장연예비, 우리사주조합의 운영비, 국민건강보험료, 직장보육시설의 운영비, 고용보험료 등을 지출한 경우 이를 손금으로 인정하고 있으며, 또한 임원 또는 사용인에게 지급한 경조사비 등 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 안의 금액에 대하여는 복리후생비로 보아 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있습니다.
🔑 손금산입 가능한 복리후생비
  • 직장체육비: 사내 체육시설 운영, 동호회 지원
  • 직장문화비: 문화활동 지원, 도서구입비
  • 직장회식비: 사내 회식 비용
  • 건강검진비: 법정 검진 범위 내
  • 경조사비: 사회통념상 타당한 범위
  • 직장어린이집 운영비

임원 복리후생비의 특별 고려사항

비상장법인의 경우 임원의 복리후생비 지급 규정으로 △학자금 지급 규정 △경조금 지급 규정 △건강검진비 지급 규정 등이 있습니다. 이런 규정들이 과연 제정 효과가 있는지 전제조건들을 기준으로 확인해야 합니다

고 전문가들은 조언합니다.

근로소득 과세 여부 판단

회사가 임직원을 위해 복리후생비를 지출하는 경우 대부분 비용으로 인정받을 수 있습니다. 다만, 임직원 명절 선물이나 의료비, 학자금 등을 지원하는 경우 그 혜택을 받는 임직원에게는 근로소득세가 과세

됩니다.

복리후생비 항목별 과세 여부
복리후생비 항목 법인 손금산입 임원 과세 여부
법정 건강검진비 비과세
종합건강검진비 차액 △ (사회통념상 타당한 범위) 과세
명절 선물 과세
경조사비 과세
학자금 지원 과세
⚠️ 비상장법인 주의사항
규정을 제정하여 지급하였다 하더라도 업무나 수입과 직접적인 관련이 있는 지출이어야 한다는 것입니다. 업무나 수익에 연관이 됐더라도 불특정다수인에게 적용되지 않고, 대표이사나 특수관계인에게만 혜택을 주기 위한 규정이면 인정받을 수 없습니다.

5. 임원과 직원 간 세무 처리 차이점

임원은 주주총회나 이사회에서 선출되어 기업 경영을 책임지는 사람을 의미합니다. 쉽게 말하여 회사 경영에 주요 권한을 가지고 실질적인 영향력과 책임을 지는 사람인 반면,직원은 임금을 목적으로 사용자의 지휘·감독 아래에서 일하지만, 임원은 회사 경영을 위해 독립적으로 업무를 수행하는 위임 관계에 있습니다.

법적 지위의 차이

임원과 직원의 법적 지위 비교
구분 임원 직원
법적 관계 위임관계 (민법) 고용관계 (근로기준법)
선임 방법 주주총회 선임 채용 절차
퇴직 방법 주주총회 해임 해고 또는 사직
4대보험 고용보험 제외 전체 가입
보수 결정 주주총회 결의 근로계약서

세무처리 차이점

1
급여 및 상여금

임원: 주주총회 결의 필수, 규정 없으면 손금불산입
직원: 근로계약에 따라 자유롭게 지급 가능

2
퇴직금

임원: 3배수 한도, 정관 규정 필요
직원: 근로기준법에 따라 평균임금 30일분 × 근속연수

3
복리후생비

임원: 사회통념상 타당한 범위, 특수관계인 제외
직원: 상대적으로 자유로운 지급

등기임원과 비등기임원의 구분

형식적 등기임원은 법적 절차를 거쳐 임원으로 등기되어 있지만, 실질적인 임원 업무를 수행하지 않는 자를 의미합니다. 예를 들어, 이사로 등기된 직원이 기존의 업무를 계속 수행한다면 직원에 해당합니다.
💡 실무상 판단 기준
임원 승진 전후에 업무의 실질이 달라졌는지, 해당 임원이 최종결재권이 있는 등 독자적인 업무집행권과 재량권이 있는지, 경영 회의 등에서 주요한 경영 현안들의 의사결정에 참여해왔는지

등을 종합적으로 판단해야 합니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q. 주주총회 결의 없이 지급한 임원 상여금은 어떻게 처리되나요?

법인세법 시행령 제43조에 따라 임원에게 지급하는 상여금은 규정이 없는 상태에서 지급하면 단 1원도 손금으로 인정해 주지 않습니다. 반드시 사전에 주주총회 결의를 거쳐 상여금 지급 규정을 마련해야 합니다.

Q. 임원 퇴직금 3배수 한도는 모든 임원에게 적용되나요?

소득세법상 임원 퇴직소득 한도(3배수)는 2012년 이후 근무기간에 대해서만 적용됩니다. 또한 정관이나 퇴직급여지급규정이 있어야 하며, 규정이 없으면 3배수를 받을 수 없습니다.

  • 2011년 이전 근무기간: 한도 적용 없음
  • 2012년 이후 근무기간: 3배수 한도 적용
  • 퇴직급여지급규정 필수
Q. 법인 차량을 임원이 개인적으로 사용하면 어떤 세금이 발생하나요?

운행기록부의 업무외 사용비율만큼 현물급여로 과세됩니다. 해당 금액은 임원의 근로소득에 포함되어 소득세가 부과되며, 법인은 해당 비용을 손금불산입 처리해야 합니다.

Q. 비등기 임원도 4대보험에 가입해야 하나요?

비등기 임원은 원칙적으로 근로자로 간주되어 4대보험에 모두 가입해야 합니다. 다만, 실질적으로 임원의 업무를 수행하고 있다면 등기 여부와 관계없이 이사로 간주될 수 있으므로 실무상 신중한 판단이 필요합니다.

Q. 임원에게 지급하는 복리후생비가 근로소득으로 과세되는 경우는 언제인가요?

명절 선물, 경조사비, 학자금 지원, 의료비 지원 등은 법인에서는 복리후생비로 손금산입되지만, 임원에게는 근로소득으로 과세됩니다. 다만, 법정 건강검진비나 사회통념상 타당한 범위의 직장 체육비, 문화비 등은 비과세됩니다.

결론

임원 급여 및 복리후생비의 세무처리는 일반 직원과 달리 매우 복잡하고 엄격한 규정이 적용됩니다. 주주총회 결의 없는 급여나 상여금 지급은 세무조사 시 손금불산입의 위험이 크며, 임원 퇴직금은 3배수 한도와 정관 규정이 필수적입니다. 또한 차량 제공 시에는 업무전용자동차보험 가입과 운행기록부 작성이 반드시 필요하고, 복리후생비는 사회통념상 타당한 범위 내에서만 손금산입이 가능합니다.

 

특히 2025년 현재 세무당국의 실사가 강화되고 있는 상황에서, 임원에 대한 모든 금전적 지급은 사전에 적법한 절차를 거치고 관련 규정을 완비해야 합니다. 불확실한 사항이나 복잡한 케이스에 대해서는 반드시 세무 전문가와 상담하여 세무 리스크를 최소화하시기 바랍니다.

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